La configurazione principale dei moduli EDI ruota tipicamente attorno a tre aree: interoperabilità della comunicazione, elaborazione dei dati e collaborazione aziendale. Ciò garantisce uno scambio stabile e accurato di dati aziendali tra diversi sistemi aziendali. In pratica, queste configurazioni vengono generalmente completate all'interno di una piattaforma di integrazione o middleware e personalizzate in base alle esigenze dei diversi partner.
La configurazione del livello di comunicazione si concentra sull'impostazione del metodo di interoperabilità e dei parametri di sicurezza, come l'utilizzo di protocolli di trasmissione come reti AS2, SFTP o VAN. Richiede inoltre la configurazione delle informazioni di identificazione (ID partner), dei certificati, dei metodi di crittografia e delle regole di firma di entrambe le parti comunicanti per garantire la sicurezza e l'integrità dei dati durante la trasmissione. Inoltre, in questa sezione rientrano anche le impostazioni della coda dei messaggi, i meccanismi di ripetizione e le regole di timeout, utilizzate per migliorare l'affidabilità della trasmissione.
La configurazione aziendale e dei dati include principalmente le definizioni del tipo di messaggio, le regole di mappatura dei campi e le regole di conversione del formato. Le strutture dei dati spesso differiscono tra le aziende, quindi sono necessarie configurazioni di mappatura per mappare i campi del sistema interno ai campi standard EDI. Vengono inoltre configurate regole di attivazione aziendale, come la generazione di ordini, il feedback sulla spedizione o i cicli di riconciliazione, consentendo l'integrazione dello scambio di dati EDI all'interno di processi aziendali specifici.