La manutenzione ordinaria delle membrane MBR richiede una gestione continua, in genere su base oraria o giornaliera. Ad esempio, i sistemi di aerazione devono funzionare 24 ore al giorno per prevenire l’accumulo di fanghi sulla superficie della membrana. Durante il funzionamento viene eseguito un controlavaggio in linea periodico, solitamente ogni pochi minuti o decine di minuti, per mantenere stabile il flusso della membrana. Questa fase è di manutenzione continua e non comporta tempi di inattività.
La manutenzione regolare avviene in genere su base settimanale o mensile. Il controlavaggio intensivo o la pulizia riparativa vengono eseguiti circa ogni 1-4 settimane per rimuovere gli inquinanti organici accumulati gradualmente e l'intasamento del particolato. Se il sistema funziona con una scarsa qualità dell'acqua o un carico elevato, la frequenza di manutenzione verrà aumentata per evitare un aumento continuo del differenziale di pressione transmembrana (TMP).
La manutenzione approfondita e la pulizia chimica vengono generalmente eseguite ogni 3-6 mesi. La pulizia chimica (CIP) utilizza agenti come ipoclorito di sodio e acido citrico per rimuovere contaminanti irreversibili. Per sistemi con condizioni operative migliori, il ciclo può essere esteso a 6-12 mesi o anche di più. Cicli di manutenzione ragionevoli possono prolungare significativamente la durata del bioreattore a membrana e mantenere stabili le prestazioni dell'effluente.